MİT'e ait yardım tırlarının durdurulmasına ilişkin davada 5 yıl 10 ay hapis cezasına çarptırılan ve Yargıtay'ın onama ile infaz durdurma kararı üzerine 20 Ekim 2018'de tahliye edilen Enis Berberoğlu, milletvekilliğinin düşürülmesinin ardından adli makamlarca yeniden tutuklanarak cezaevine gönderildi.TBMM Genel Kurulunda milletvekilliği düşürülen ve akşam saatlerinde Bakırköy'deki evinde gözaltına alındıktan sonra İstanbul Adalet Sarayı'na sevk edilen CHP İstanbul Milletvekili Enis Berberoğlu, infaz savcılığına çıkarıldı. Berberoğlu, cezasının kalan infazını tamamlaması için yeniden tutuklanarak Maltepe Ceza İnfaz Kurumuna gönderildi. Dava süreci İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı MİT tırlarının görüntülerini yayınladığı gerekçesiyle 5 yıl 10 ay hapis cezasına çarptırılan Can Dündar'ın "Tutuklandık" isimli kitabında, görüntüleri kendisine "Solcu bir vekilin 27 Mayıs'ta getirdiğini" yazması ve araştırma sonucunda bu kişinin Enis Berberoğlu olduğu iddiası üzerine soruşturma başlattı. Başsavcılık, konuya ilişkin Berberoğlu'nun dokunulmazlığının kaldırılması talebiyle hazırladığı fezlekeyi TBMM'ye gönderdi. Berberoğlu'nun milletvekilliği dokunulmazlığının kaldırılmasının ardından İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Özel Soruşturma Bürosu tarafından iddianame hazırlandı. İddianamede, Can Dündar'ın kitabında ve tahliye olduktan sonra köşesinde, "görüntüleri flash disk içinde solcu bir milletvekilinden aldığını" yazdığı, bunun üzerine Dündar'ın telefon kayıtları incelenerek, HTS verilerinden görüştüğü kişinin 26. Dönem CHP Milletvekili Enis Berberoğlu olduğu ve görüşmenin de 21 saniye sürdüğü belirtildi. Enis Berberoğlu'nun "devlet sırrı" niteliğindeki görüntüleri kimden temin ettiğinin bilinmediği, 27 Mayıs'ta verdiği Can Dündar'ın görüntüleri 29 Mayıs'ta Cumhuriyet gazetesinde yayınladığı kaydedilen iddianamede, Berberoğlu'nun, "MİT tırları olayının flash diske alınmış görüntülerini, devlet sırrı olduğunu bile bile Can Dündar'a verdiği, bu eylemi ile sır niteliğindeki bilgilerin ifşası suçunu işlediği" aktarıldı. Berberoğlu'nun ifadesinde suçlamayı kabul etmediği ve evrakın kovuşturmaya yer olmadığına dair kararla sonuçlandırılmasını talep ettiği kaydedilen iddianamede, sanık Berberoğlu'nun ifadesinin inandırıcılıktan uzak olduğu vurgulandı. Sanık hakkında dava açılması için yeterli delillerin bulunduğu, FETÖ örgütüne üye olduğu bilinmemekle birlikte yardımı içeren harekette bulunduğu belirtilen iddianamede, Berberoğlu'nun "Devletin gizli kalması gereken bilgi ve belgelerini askeri ve siyasal casusluk amacıyla temin etme" ve "FETÖ/PDY silahlı terör örgütüne bilerek ve isteyerek yardım etme" suçlarından 20 yıldan 30 yıla kadar hapis cezası ile cezalandırılması istendi. Hazırlanan iddianameyi kabul eden İstanbul 22. Ağır Ceza Mahkemesi, söz konusu davanın, MİT tırlarının durdurulmasına ilişkin görüntüleri yayınladıkları gerekçesiyle Can Dündar ve Erdem Gül'ün yargılandığı İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki dosya ile birleştirilmesine ilişkin savcılığın talebini kabul etti. Bu kararın ardından iddianame ve ekindeki dosyalar, İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. Davanın 21 Eylül 2016 tarihli ilk duruşmasında, MİT tırlarının görüntülerini yayınlaması için Can Dündar'a verdiği iddiasıyla hakkında "devletin gizli kalması gereken bilgi ve belgelerini askeri ve siyasal casusluk amacıyla temin etme" ve "FETÖ/PDY silahlı terör örgütüne bilerek ve isteyerek yardım etme" suçlarından 20 yıldan 30 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açılan Enis Berberoğlu'nun dosyasının, aralarında hukuki ve fiili irtibat olduğu gerekçesiyle Dündar ve Gül'ün yargılandığı bu dava dosyasıyla birleştirilmesine karar verildi. 25 yıl ceza ve ilk tutuklama İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi, 14 Haziran 2017'de davayı karara bağlayarak, durdurulan MİT tırları görüntülerini eski Cumhuriyet gazetesi genel yayın yönetmeni Can Dündar'a verdiği belirtilen Kadri Enis Berberoğlu'nu "devletin güvenliği veya iç veya dış siyasal yararları bakımından niteliği itibarıyla gizli kalması gereken bilgileri siyasal veya askeri casusluk maksadıyla açıklamak" suçundan 25 yıl hapis cezasına çarptırdı. Heyet ayrıca Berberoğlu'nun HTS kayıtları, Can Dündar'ın kitabında geçen beyanları dolayısıyla işlediğinin sabit olduğu anlaşılan suç dolayısıyla hükmolunan cezasının haddi itibarıyla, kaçacağı ve saklanacağı hususunda somut emarelerin bulunması nedeniyle tutuklanmasını kararlaştırdı. Mahkeme heyeti, sanığın kasten işlemiş olduğu suçtan dolayı hapis cezası mahkumiyetinin sonucu olarak seçme, seçilme ve diğer siyasi haklarını kullanmaktan yoksun bırakılmasına karar verdi. Kararın ardından, duruşmaya tutuksuz sanık olarak katılan Berberoğlu tutuklanarak cezaevine gönderildi. Enis Berberoğlu'nun avukatları kararın ardından istinaf başvurusunda bulundu. Başvuru incelemesini yapan İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi 24 Ekim 2017'de, İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından Berberoğlu'na verilen "devletin güvenliği veya iç veya dış siyasal yararları bakımından niteliği itibarıyla gizli kalması gereken bilgileri siyasal veya askeri casusluk maksadıyla açıklamak" suçundan 25 yıl hapis cezasına ilişkin hükmün bozulmasına ve tutukluluk halinin devamına karar verdi. İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi 7 Kasım 2017'de, CHP Milletvekili Enis Berberoğlu hakkında verilen 25 yıllık hapis cezasına ilişkin İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi'nin bozma kararını usul ve yasaya aykırı bularak, dosyayı iade etti. Bunun üzerine İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, Ceza Muhakemesi Kanunu'nun (CMK) 308. maddesi uyarınca, 2. Ceza Dairesi'nin önceki kararının kaldırılması ve yargılamanın istinafta yapılması için itirazda bulundu. İtirazı değerlendiren İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi, 10 Kasım 2017'de, Başsavcılığın itirazını yerinde görerek bozma kararından rücu etti ve dosyayı esasa kaydetti. İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi, 13 Şubat 2018 tarihli duruşmada, yeniden yargılamasını yaptığı Enis Berberoğlu hakkında yerel mahkemenin verdiği hapis cezası kararını kaldırdı. Daire, Berberoğlu'nu "devletin güvenliği veya iç veya dış siyasal yararları bakımından niteliği itibarıyla gizli kalması gereken bilgileri açıklamak" suçundan 5 yıl 10 ay hapis cezasına çarptırdı. Yargıtay aşaması İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi Cumhuriyet Savcısı 22 Şubat 2018'de, 2. Ceza Dairesi tarafından "gizli kalması gereken bilgileri açıklamak" suçundan hapis cezası verilen CHP Milletvekili Enis Berberoğlu'nun "casusluk" suçundan cezalandırılması istemiyle Yargıtay'a sunulmak üzere temyiz dilekçesi vermişti. Bu arada Enis Berberoğlu, cezaevindeyken 24 Haziran 2018 milletvekilliği seçimlerinde CHP İstanbul milletvekili olarak seçilmişti. Kararın temyiz edilmesinin ardından dosyayı esastan inceleyen Yargıtay 16. Ceza Dairesi 20 Eylül 2018'de oy çokluğuyla, Enis Berberoğlu'na "gizli kalması gereken bilgileri açıklamak" suçundan verilen 5 yıl 10 ay hapis cezasını onadı. Yargıtay ayrıca Berberoğlu'nun milletvekilliği sona erinceye kadar cezasının infazının durdurulmasına ve salıverilmesine karar vermişti. Bu kararın ardından Maltepe Cezaevi'nden tahliye edilen Berberoğlu, 1 Ekim 2018'de TBMM Genel Kurulunda milletvekili yemini etmişti.